تتلخص منهجية هذا الكتاب مثلما هو معروف في بقية مؤلفات أبن سينا حيث أنه يدرس أولا المنطق ثم يليه العلم الطبيعي وما يتصل به من مباحث في الحركة والجسم و المكان والزمان والنفس، بعدها يليه العلم الإلهي فضلا على تعليقات قليلة تخص العلم الرياضي، فقد ابتدأ ابن سينا أولا بدراسة موضوع المنطق وأهميته وأقسامه وعلاقته بالعلوم الأخرى، ثم عرج على دراسة العلم الطبعي بكل مقاييسه فضلا عن إثبات النفس و وجدودها وخلودها وطبيعتها وعلاقة ذلك كله بالمعرفة الإنسانية، ثم تناول علم ما بعد الطبيعة وما يستلزم من إثبات واجب على وجدود الله وبيان طبيعته وماهيته وصفاته مع الأهتمام بدراسة الجوهر مفهوما ميتافيزيقيا والعلاقة بين المادة والصورة ودور واهب الصور، وفي النهاية يتضح أن فلسفة هذا الكتاب هي عينها فلسفة سائر كتب أبن سينا.